לגנים בוטניים מטרות שונות, כמו: שימור מיני צמחים ייחודים, אקלום צמחים, הוראה ומחקר בתחומי בוטניקה, גינון, אקולוגיה, חקלאות ועוד.

בגן בוטני מוכר משלטים את הצמחים המצויים בו בשמם המדעי ומקיימים מאגר מידע אודותם.

מועצת הגנים הבוטניים פועלת לעידוד הכרת הגנים הבוטניים הפעילים על ידי מדינת ישראל.
גן בוטני המעוניין לקבל הכרה לפי חוק גנים בוטניים, תשס"ו - 2006, יוכל לפנות באמצעות מילוי טופס הבקשה המצורף לעיל. התנאים להכרה מפורטים בחוק.

הגנים שייחשבו כגנים בוטניים מוכרים, הם אלה שמטרותיהם תואמות את החוק והם מקיימים את תנאיו וכן את התנאים שיחיל שר החקלאות ופיתוח הכפר.

גן בוטני שיוכר, על פי כל התנאים הנדרשים, יוכל להגיש בקשה לתקצוב לשנת 2008.  

לשאלות בנושא ניתן לפנות לאביגיל הלר, רכזת מקצועית של מועצת הגנים הבוטניים, בכתובת:
avigh@shaham.moag.gov.il (בכותרת הפנייה נא לכתוב את המילים 'גנים בוטניים').