כדי לשמור על אמינות התוצרת והמוצרים האורגניים יש חשיבות רבה בפיקוח על תהליכי העיבוד, הייצור, האריזה והאחסון של תוצרת זו.הגוף הרשמי בישראל המוכר על ידי האיחוד האירופי הוא "השירותים להגנת הצומח ולביקורת" במשרד החקלאות (PPIS).

בראשית שנות ה – 90 הותקנה תקנה No. 2092/91 EEC על ידי האיחוד האירופי במטרה להסדיר תהליכי פיקוח ואישור על מנת לקיים חקלאות אורגנית ברת קיימא ולהבטיח תוצרת אורגנית אמינה ואיכותית לצרכן. במסגרת זו הוכרו השרותים להגנת הצומח ולביקורת כגוף המוסמך לפקח על תוצרת ומוצרים אורגנים המיועדים ליצוא למדינות האיחוד.

ב- 1.9.2008 נכנס לתוקפו החוק האורגני הכולל את כל מוצרי המזון האורגניים שמוצאם מן הצומח. על פי החוק, יכול כל צרכן להתחיל לחפש את הסמל האורגני האחיד על המוצרים האורגניים.