האגף לדיג ולחקלאות מים פועל במסגרת משרד החקלאות ופיתוח הכפר ומתוקף סמכותו בחוק, על פי פקודת הדיג משנת 1937. האגף עוסק במגוון רחב של נושאים:

• ניהול ממשק דיג בים תיכון, מפרץ אילת ואגם הכנרת.
• הנפקת רשיונות דיג אישיים ולבעלי סירות דיג.
• פיקוח ומניעת עבירות על פקודת הדיג.
• מניעת חדירת מיני דגים העלולים לגרום נזק לדגה ולסביבה הטבעית.
• אינטרודוקציה למינים חדשים במקומות הסגר.
• שירות ווטרינרי.
• ליווי, קידום ופיתוח ענפי הדיג וחקלאות המים.
• מחקר בתחומי הדיג וחקלאות מים.
• אישורי יבוא ויצוא.
• סיוע ברישום תרופות לשימוש החקלאים.
• ליווי והדרכה של משקי מודל בנושאים שונים ומגוונים.
• איסוף נתונים רציפים של ענפי הדיג וחקלאות המים ופרסומם בדוח שנתי.
• תמיכה מקצועית ליזמים.
• טיפול ושיקום של מעגנות הדיג.
• פעילות זו מתאפשרת בזכות רמתם המקצועית של עובדי האגף וכן, בזכות שימוש באמצעים מתקדמים, הן בתחום השירות הווטרינרי והן בתחום המחקר. 

האגף כפוף ישירות למנהל הכללי במשרד החקלאות והוא נחלק ל- 4 מחלקות:

• חקלאות מים פנימיים
• חקלאות ימית
• דיג ימי
• פיקוח ומעגנות

לעץ המבנה של האגף