מועצת הצמחים במתכונתה החדשה יצאה לדרך בנובמבר 2007, עם כינוס מליאת המועצה, שהוקמה לאחר הליך של ארגון מחדש. שינוי מבנה המועצה נדרש בעקבות מסקנות ועדת שאלתיאלי ולאחר החלטת השר שמחון להיענות לטענות חקלאים בדבר תפקוד המועצה במתכונתה הישנה.
רקע: לפני ארבע שנה אוחדו ארבע מועצות צמחים- ירקות, פירות, הדרים ופרחים למועצת צמחים אחת, אך האיחוד לא הביא להתייעלות הכלכלית המקווה. המבנה הריכוזי יצר נתק בין המועצה למגדלים, השרות למגדלים נפגע, וסמכויות נלקחו מהמגדלים ללא סיבה והיגיון. המועצה נוהלה מאז האיחוד על ידי מינהלה זמנית שהיתה מורכבת מנציגי הענפים ואנשי משרד החקלאות, שמונו כולם על ידי שר החקלאות.
לאור המלצות ועדת שאלתיאלי, יזם שמחון את החזרת סמכויות הניהול למגדלים, במסגרת תיקון חוק המועצה. במהלך 2007 נערכו בחירות בקרב החקלאים, לבחירת נציגיהם למועצה, וכן מונו נציגי גופים נוספים, בהם נציגי ממשלה, גופי צרכנות, שיווק ותעשייה.
השר שמחון אמר כי צבי אלון הוא האדם הנכון בזמן הנכון וכי יפעל לקידום מטרותיה של המועצה החדשה לטובת חקלאי ישראל.