מחוז העמקים הוא הגדול בין המחוזות בפעילות החקלאית ובכמות החקלאים הפעילים. במסגרת המחוז כ- 6,500 חקלאים. המחוז פועל מצפון הכנרת עד צפון ים המלח, מהירדן עד שפלת החוף וכן עד מפרץ חיפה. למחוז ששה מרכזי פעילות עיקריים: עפולה, בית שאן, בקעת הירדן, עמק הירדן, זבולון ושומרון. המחוז חולש על כ- 7.5 מיליון דונם, מתוכם מעל למיליון דונם שטחים חקלאיים.

הפריסה הגאוגרפית של המחוז מתאפיינת בשונות טופואקלימית רבה. במישור החוף אקלים ממוזג, לאורך שבר הירדן מעמק הירדן ועד מגילות אקלים חם וברמת מיזוג הולכת ופוחתת, בשומרון ובבנימין אקלים הררי וקר. במחוז שוקדים על מתן מענה הולם לכל התנאים הטופוגרפים והגיאוגרפים שבתחום המחוז.
המחוז מטפל ב- 13 מועצות אזוריות וב- 34 מועצות מקומיות אשר במסגרתן: 79 קיבוצים, 69 מושבים, 3 מושבות, 4 בתי ספר חקלאיים  23 כפרים, 92  ישובים קהילתיים ו- 3 מצפים. בתחום המחוז נמצאות גם 16 ערים.

באזור העמקים עתודות גדולות של קרקע חקלאית המתאימה לגידולי שדה וגידולים בשטחים פתוחים. באזור תנאי אקלים מיוחדים המתאימים לגידול מטעי תמרים, בננות, מנגו, אבוקדו, הדרים, כרמי מאכל מוקדמים, שקדים, זיתים ורימונים. כמו כן, גם באזור ישנן גם עתודות גדולות של מים שוליים, מים מליחים המשמשים את ענף המדגה והתמרים ומי קולחין של תשלובת הקישון לגידולי שדה ומטע.

חשיבותה של החקלאות באזור בשימור הקרקע, ניצול מים שוליים שאין להם שימוש חלופי, אספקת תוצרת חקלאית מענף המדגה , גידולי שדה ומטעים סובטרופיים ועוד.

ישובי עמק הירדן, בקעת בית שאן ובקעת הירדן הם אזורים פריפריאליים, דלי אוכלוסין, בגבולה המזרחי של המדינה ולכן הם בעלי חשיבות גבוהה בפיתוח החקלאות כעוגן פרנסה להרחבת ההתיישבות הכפרית באזור.

ענפי חקלאות עיקריים במחוז