האגף מופקד על ביצוע מדיניות המשרד בנושא הלוגיסטיקה הן לפעילות המשרד והן לביצוע, הקמה או תכנון פרויקטים במגזר החקלאי במימון המשרד. האגף פועל בהתאם להוראות התכ"מ, הנהלים, חוק תכנון ובנייה, פקודת הבטיחות, הוראות החשב הכללי והנחיות הממונים.

האגף מופקד על כל פעילות הבינוי של המשרד, כולל יחידות הסמך, ממונה על הכנת תכניות הבינוי והתחזוקה של המבנים, בתיאום עם גורמים הנדסיים מקצועיים ואחרים, ובסיועם.

• הפעלת תכניות בנייה, הרחבה, שיפוצים ותחזוקה של מבני המשרד, באמצעות העובדים הכפופים וחברות קבלניות. ביצוע בקרה על התקדמות העבודות ועמידה בלוח הזמנים ובלוח ההתקשרויות.
• אחריות על הקרקעות המוחזקות בידי המשרד, בכל הקשור בשימוש ובתפעול, מניעת פלישות וסילוקן, דמי חכירה וריכוז הנושאים הקשורים בהפעלת שטחים עם גורמי חוץ.
• טיפול בתכניות המתאר (תב"ע) היזומות והמתוקצבות על ידי המשרד, עבור המגזר החקלאי.
• קביעת תכניות הרכש על פי סדרי עדיפויות והאפשרויות התקציביות. תוכניות הרכש כוללות ציוד טכני, מדעי, הנדסי ועוד, המסופק ע"י ספקים מקומיים ו/או ספקים מחו"ל. האגף קובע תנאים כבסיס להתקשרויות, על פי הנהלים ובתיאום עם הגורמים המוסמכים.
• פרסום וניהול מכרזים לכל ועדות המכרזים של המשרד, ריכוז תהליך המכרזים בכפוף לנהלים ולהוראות. קיום קשר עם זוכים לצורך יצירת ההתקשרויות, פיקוח על ביצוע העבודות ואספקת הטובין בהתאם לסעיפי החוזים, ואישור חשבונות לתשלום בהתאם.
• טיפול במערך הבטיחות של המשרד (לרבות יחידות הסמך), כולל מעבדות ועבודה בחקלאות, וקיום "פקודת הבטיחות בעבודה".
• אחריות על הטיפול במחסנים ובמצאי, קביעת רמות מלאי ובדיקתן הרצופה. עריכת ביקורת במחסנים והגשת הדוחות המתאימים כנדרש בהוראות. הפעלה ועדכון שוטף של המערך הלוגיסטי הממוחשב.
• אחריות על ניהול מאות כלים חקלאיים (לרבות אישור מפרטים, רכש ותחזוקה), אשר אינם מטופלים ע"י מינהל הרכב הממשלתי.
• אחריות על מערך שיווק התוצרת החקלאית, פרי מחקרי המשרד ויחידות הסמך (מהחי והצומח), תוך עמידה בנוהלי המשרד ובעדכונם.
• אחריות על תנאי הדיור של עובדי המשרד ועל מערכות תשתית למיניהן, כמרכזיות טלפון ומערכות קשר נוספות.
• קיום קשר עם משרדי ממשלה אחרים וגורמי חוץ בעניינים הקשורים לתחומי הפעילות של האגף.