הרשות לתכנון מהווה יחידת מטה מרכזית של המשרד וממונה על תכנון ופיתוח החקלאות, ההתיישבות והכפר.

בתחום החקלאות עוסקת הרשות לתכנון בתכניות לפיתוח החקלאות לטווח הבינוני והארוך ופועלת לקידום הקצאת גורמי יצור ומשאבים לישובים חקלאיים, לאגודות חקלאיות ולחקלאים יחידים. הרשות פועלת להכנתן ואישורן של פרוגראמות להתיישבות חקלאית מתוכננת ופרוגראמות לפרויקטים חקלאיים יחידניים. הפרוגראמות מהוות בסיס להקצאת אמצעי ייצור.

במסגרת פעילותה של הרשות לתכנון, ולצורך ביצוע המטלות, הרשות אחראית על מאגר המידע של החקלאות בישראל. המידע ברמות השונות מאפשר לרשות לקבל החלטות בנוגע להקצאות המשאבים ברמה הפרטנית (החקלאי הבודד, הישוב או המועצה האזורית).

פיתוח הכפר הינו תחום נוסף המנוהל ברשות לתכנון. מאז שנת 2006 יוצאת לפועל "תכנית פיתוח הכפר" המעניקה מענקי סיוע לנושאים שונים ומגוונים לעידוד פיתוח המרחב הכפרי תוך שמירת ייחודו ואפיונו ומתן מענה לשינויים המתרחשים בהתיישבות הכפרית.

ברשות לתכנון קיימת יחידה העוסקת באיסוף נתונים על שווקי היעד של התוצרת החקלאית הטרייה ואודות היצרנים המתחרים בתוצרת הישראלית באותם שווקים.