הלשכה המשפטית עוסקת בייעוץ משפטי להנהלת המשרד וליחידותיו השונות, בחקיקה שבתחום אחריותו של המשרד ובאכיפת החוק שבתחום סמכותו של המשרד.
הלשכה המשפטית, בראשות היועץ המשפטי למשרד החקלאות, מונה תשעה עורכי דין, שני מתמחים ושלוש מזכירות.