​​​המשרד פועל לפיתוח חקלאות ישראל וביסוס ההתיישבות ברוח ערכי הציונות, לשמירה על אדמות המדינה ומשאביה, להבטחת אספקת מזון טרי ואיכותי לתושבי מדינת ישראל ולמינוף היתרון היחסי של חקלאות ישראל.​