קיימים מסלולים מאושרים ליבוא חומר ריבוי צמחי של גידולים רבים. מוצרים אלה מופיעים בקובץ תקנות הגנת הצומח משנת 2009​. בהתאם לתקנות אלה, היבוא מאושר בכפוף לבדיקות וטיפולים הנדרשים עבור כל מוצר. יחד עם זאת, מוצרים רבים הינם אסורים ביבוא. על מנת לאפשר אינטרודוקציה של מינים או זנים חדשים הדרושים לפיתוח החקלאות בישראל המשתייכים לקטגוריה זו, קיים מסלול ליבוא חומר צמחי בתנאי הסגר. במסלול זה מאושר ליבוא, בכמויות לא מסחריות, חומר ריבוי שמהווה מקור לטיפוח או גידול מינים או זנים חדשים. היבוא במסלול זה מאושר למוצרים שעברו הערכת סיכונים ונקבעו להם תנאי הסגר. 

עקרונות בעבודה עם חומר הסגר מיובא  

  1. יבוא חומר בהיקפים מצומצמים למטרות מחקר ופיתוח.
  2.  יבוא חד-פעמי לצורך יצירת גרעין ריבוי
  3. העדפה לא לחזור על יבוא חומר מאותו מקור
  4. הורדת רמת הסיכון הפיטוסניטרי בחומר המיובא באמצעות העדפת חומר צמחי ברמת סיכון נמוכה יותר; תרבית רקמה, זרעים, ענפי רכב ללא עלים ושורשים, ייחורים לא מושרשים, ייחורים חשופי שורש, שתילים
  5. העדפת חומר שגדל תחת פיקוח ובקרה ועבר בדיקות (ויזואליות ומעבדתיות) במהלך הגידול
  6. יבוא חומר המיועד לשחרור לסביבה מחייב גידול דור אחד לפחות בתנאי הסגר
  7. חומר מקומי שגדל בסמיכות לחומר הסגר (באותו מבנה), יחשב כחומר הסגר​
  8. פיקוח על חומר בסיכון נמוך לפני חומר בסיכון גבוה יותר. ​

תהליך הרישוי ליבוא חומר צמחי בתנאי הסגר  

א. הגשת בקשה למחלקת רישיונות יבוא. רצוי להוסיף לבקשה הסבר וחומר רקע רלוונטי.                                     להורדת טפסים בנושא רשיונות יבוא​
ב. כל בקשה נבחנת לגופה ומופנת לטיפול הגורם המתאים:
  1. מוצרים להם קיים מסלול מאושר ליבוא בתנאי הסגר
  2. מוצרים להם לא קיים ע​​דיין מסלול יבוא מאושר
  3. מוצרים המשתייכים לאחד מהמינים או המשפחות האסורים ביבוא, המופיעים בתוספת השביעית של תקנות הגנת הצומח משנת 2009 (קישור).
ג. מוצרים להם קיים מסלול יבוא מאושר (סעיף ב.1.), מועברים לאישור ממונה הסגרים, לתיאום תנאי ההסגר עם הלקוח. כפי שתואר במבוא, תנאי ההסגר כוללים את הגדרת המפרט הטכני של מתקן ההסגר (קישור למפרט טכני לדוגמא) ואת הגדרת הבדיקות הנדרשות במהלך תקופת ההסגר. מפקחי אגף ההסגר מפקחים על החומר מרגע הגעתו ובמהלך הגידול עד לשלב שחרור או השמדת החומר. הפיקוח כולל; אישור מתקן ההסגר, אחסון חומר ההסגר, פיקוח על קיום נהלי העבודה, פיקוח ויזואלי במהלך תקופת ההסגר, דגימה של חומר לבדיקות מעבדה, התייעצות עם מומחים, הוראה על טיפולים ועוד. ככלל, מחלקת רישיונות מנפיקה רישיון יבוא רק לאחר אישור מתקן ההסגר על ידי מפקחי ההסגר.

ד. על מנת לייבא מוצרים שלהם לא קיים מסלול מאושר (סעיף ב.2.), יש קודם לבצע הערכת סיכונים. הערכת סיכונים זו בודקת את הסיכון שהייבוא מציב מהיבט של בריאות הצמח, בריאות האדם והמקנה ושמירה על הסביבה. בהתאם לכך היא מפנה את היבואן לגורם המוסמך לטפל בכל נושא. קיים עומס של בקשות לייבא מוצרים חדשים הדורשים הערכת סיכונים ולכן הוחלט על הקמת וועדה העוסקת בתעדוף הבקשות (מידע על הערכת סיכונים ניתן למצוא בקישור הבא). בקשה שעברה את תהליך הערכת הסיכונים, מועברת לממונה הסגרים לקביעת תנאי הסגר ומטופלת כמפורט בסעיף ג.

ה. מינים או משפחות של צמחים אסורים ביבוא (סעיף ב.3.) - על מנת לייבא מוצרים המשתייכים לקבוצה זו, יש להגיש בקשה מנומקת אודות החשיבות והתרומה של החומר לפיתוח החקלאות בישראל.  מוצרים מקבוצה זו להם קיים מסלול יבוא מאושר מטופלים כמפורט בסעיף ג' ומוצרים שלהם לא קיים מסלול מאושר מטופלים כמפורט בסעיף ד'.

ו. בהתאם לממצאים בתקופת ההסגר, בסמכות ממונה הסגרים לאשר את שחרור החומר בסיום תקופת ההסגר או להורות על השמדת החומר, גם במהלך תקופת ההסגר. שחרור חומר מהסגר מחייב אישור בכתב מאת ממונה הסגרים.
חשוב לזכור שהכנסת צמחים למתקן הסגר נועדה לוודא שכל יחידה צמחית מיובאת הינה חופשית מנגעים. הגידול בתנאי הסגר לאחר כניסה לא נועד לנקות צמחים ממזיקים.