תהליך הערכת הסיכונים ביבוא מחולק לשתי רמות, בהתאם למוצר וליעד המבוקש.

הערכת סיכונים מורחבת 

נדרשת התכתבות מול מדינת המקור לצורך קבלת מידע מפורט על אודות המוצר אותו רוצים לייבא לישראל. יישלח מכתב אל הרשות להגנת הצומח במדינת המקור ובו יידרש המידע הכולל פנולוגיה של הגידול, אזורי גידול והאקלים, נגעים הידועים בגידול בארץ המקור והטיפול נגדם ועוד. עותק של המכתב יינתן ליבואן.

הערכת סיכונים מצומצמת

לא נדרשת התכתבות מול מדינת המקור והבקשה אינה מובאת לדיון בוועדת היגוי. התהליך נסמך על חיפוש במאגרי מידע והתייעצות עם מומחים. תהליך זה נעשה על-פי-רוב, כאשר מבקשים לייבא חומר ריבוי בשני סוגים:

1. בקשות ייבוא חומר ריבוי ממערב אירופה, ממקורות אלו קיים ייבוא נרחב ורציף ולכן רמת הסיכון מוגדרת נמוכה.
2. במסגרת הערכות סיכון לחומר המיועד לגידול בתנאי הסגר אחר ייבוא PEQ (בדרך-כלל מדובר על כמויות מוגבלות של מוצר צמחי לצורכי מחקר וכדומה).