​לצורך ביצוע הבדיקות המעבדה לפתולוגיה יש לשלוח את הדגימות הבאות:

גופות  

יש לשלוח רק גופה טרייה מלווה בתעודת משלוח מתאימה עם כל הפרטים הדרושים, חשוב לפרט את מהלך המחלה ודרישות מיוחדות. הנתיחה תבוצע ביום הגעת הגופה או למחרת היום. תוצאותיה יוקלדו למחשב ביום ביצוע הנתיחה או למחרת היום. במידה ונלקחות בדיקות היסטופתולוגיות מהנתיחה תוצאותיהן תדווחנה עד 35-30 יום מיום ביצוע הנתיחה.

באירוע של התפרצות ובמקרים מסוימים ניתן לשלוח לפתולוגיה בעלי חיים חולים או גוססים, ניתן לעשות זאת אך ורק בתאום מראש עם מנהל המחלקה לפתולוגיה או הפתולוג התורן.

​נפלים  

יש לשלוח אך ורק נפל טרי וחשוב לצרף שליות באריזות מתאימות (שקיות פלסטיק) למניעת דליפה. לפירוט לגבי שליחת נפלים ראה מדור הפלות יונקים.

איברים טריים  

איברים טריים לאיבחון יש לשלוח בנפרד באריזות מתאימות כדי למנוע דליפה.
- לבדיקה היסטופתולוגית יש לדגום ולקבע (פיקסציה) מיד את האברים בפורמלין 10%. 
- איברים רקובים או קפואים לא מתאימים לבדיקה היסטולוגית. הדוגמא להיסטופתולוגיה צריכה להיות בעובי של 0.5 – 1.0 ס"מ. היחס רקמה/פורמלין צריך להיות 10:1 (ניתן לקבל תמיסת פורמלין 10% במעבדה לפתולוגיה).

​ביופסיות  

מגוש גדול יש לקחת אזורים יצוגיים בעובי שבין 0.5 – 1.0 ס"מ. במידה ולא נלקחו אזורים יצוגיים יש לחתוך הגוש הגדול באמצע בכדי לאפשר חדירה טובה של הפורמלין.
- יש לשים את הדוגמא בכלי מתאים (מיכל מפלסטיק) עם סגירה אטומה ולשמור על יחס ריקמה/פורמלין 10:1. תוצאות הבדיקה ישלחו תוך 5 ימים מיום קליטתם במכון.
- עיניים וביופסיות מהרחם יש לקבע בחומרים מיוחדים שאותם ניתן לקבל מהמעבדה לפתולוגיה.

בדיקה ציטולוגית  

יש לשלוח נוזל במבחנה, או משטחים לאחר קיבוע באלכוהול או משטחים צבועים בגימזה. הנוזל והמשטחים הלא-צבועים יועברו למעבדה לביוכימיה להמשך טיפול. המשטחים הצבועים יבדקו במעבדה לפתולוגיה. התוצאות ינתנו תוך 24 שעות מהגעת הבדיקה.

בדיקות מוח בקר וצאן סקרייפי וספגת המוח  

א. כללי​
דגימות מוח מאורך ילקחו מכל בקר שנשחט, או מת מסיבות לא ברורות, והוא מעל גיל 30 חודש.

ב. בטיחות
ב.1. בכל שלבי העבודה יש להשתמש בסרבל או חלוק ובכפפות חד-פעמיות (מומלץ להשתמש בכפפות חד-פעמיות עליהם כפפות לבדיקת הריון ועליהם זוג נוסף של כפפות לטקס חד- פעמיות).
ב.2. יש להשתמש במשקפי מגן, במסכת פנים ופה. יש להזהר מהתזה על הפנים והעיניים.
ב.3. אין לגעת בכפית "פריוניקס" באזור הקעור המיועד ללקיחת דגימת המוח.
ב.4. יש לנגב את הכפית בין כל לקיחה עם נייר מגבת סופג.
ב.5. את הכפפות החד- פעמיות ונייר המגבת המשומשת יש להשמיד בשריפה.

ג. דיגום
ג.1. יש להפריד בעזרת סכין חדה את הראש מהגופה באזור המיפרק של החוליה הצווארית הראשונה והגולגולת (מיפרק אטלנטו-אוקסיפיטלי) ובלבד שיחשף ה"פורמן מגנום".
ג.2. הוצאת המוח המאורך יעשה בעזרת כפית "פריוניקס" ויוכנס לשקית מתאימה שתסופק על ידי המעבדה.
ג.3. על השקית יש לרשום פרטי זיהוי של בעל החיים שיכלולו: מס' שחיטה, מס' אוזן, תאריך לקיחת הדוגמא, שם בית המטבחיים, יישוב בעל החיים.
ג.4. מהמוח המאורך תלקח דגימה לבדיקה בשיטת הערכה Prionics-Check Prio STRIP בבקבוקון ממוספר לחטיבה לוירולוגיה.
ג.5. דגימת המוח המאורך הנותרת תשמר עד לקבלת תוצאות סופיות בבדיקת פריוניקס. 
ג.6. במידה ותתקבל תוצאה שאיננה חד-משמעית בבדיקת פריוניקס, תבוצע בדיקת פריוניקס חוזרת ובאם גם הפעם התוצאה איננה חד-משמעית תבוצע בדיקה היסטופתולוגית ואימונוהיסטוכימית:

- צביעת הסליידים ב- Hematoxilin/Eosin במכונת צביעה ע"פ נוהל 7 A.
- בדיקה אימונוהסיטוכימית ע"פ נוהל 22A.

ד. תוצאות
ד.1. תוצאות מבדיקת פריוניקס נשלחות בפקס מיד עם תום הבדיקות. 
ד.2. תוצאות היסטופתולוגיה ואימונוהיסטוכימיה מתקבלות תוך שבעה ימים.​