במחלקה לחקלאות מים 3 תחנות מחקר:  התחנה למדגה בדור, היחידה למדגה אינטנסיבי בגנוס, והמעבדה המרכזית לבריאות הדג בניר דוד. 

המחלקה עוסקת במחקר ומתן פתרונות למגדלי הדגים בנושאים שונים: חקר מחלות, שרות וטרינרי, טכנולוגיות גידול חדשות, שיטות גידול חסכוניות במים, איכות המוצר, תקני איכות בכל הרמות ולאחרונה גידולים אורגניים.

ב-2003 התרכזה המחלקה במספר נושאים, החשוב ביניהם מציאת תחליף ל"מלכיט גרין" עבודה שהחלה עוד בשנת 2002 טרם פרוץ המשבר בתקשורת, מתוך ידיעה שהחומר יאסר לשימוש.
עם פרוץ משבר המלכיט גרין, פעלה המחלקה במרץ ובשיתוף פעולה יוצא מן הכלל עם השרותים הוטרינרים ומדריכי שה"מ. החומר נאסף מהחוות ותוך זמן קצר נדגמו רוב הבריכות בארץ. השיווק הותר רק מבריכות שנמצאו נקיות. יחד עם זאת נגרם לענף נזק כבד בשל הפסקה כמעט מוחלטת של השיווק.

נהלים שנקבעו יחד עם משרד הבריאות למנוע משברים כגון אלה לא עמדו במבחן המציאות. נהלים חדשים למניעת משברים נקבעו בתאום עם הרמות הבכירות ביותר בשני המשרדים.

משבר המים: למרות השנה הברוכה בגשמים ושיפור מפלס הכנרת ממשיכה לעודד המחלקה משקים להכניס מערכות מיחזור כך שמי בריכות שעשו בזמנו דרכם לים התיכון או לים המלח נשאבים חזרה לבריכות וחוזר חלילה.
ועוד בנושא התייעלות השימוש במים: השנה יצאנו במכרז  ל-6 משקי מודל  לגידול דגים בטכנולוגיה חסכנית במים מיזם של  נציבות המים משרד החקלאות והאוצר אשר מיועד להביא לצמצום השימוש במים   מ-8 קוב לק"ג דג  ל-0.3 קוב לק"ג דג. הרחבת משקי המודל באה בעקבות תוצאות טובות בחסכון במים שהתקבלו בשנת 2002 מהפילוט הראשון בבית שאן.