תפקידו העיקרי של השרות להסגר צמחים הוא למנוע כניסתם ארצה של נגעים - מחלות ומזיקי צמחים העלולים לגרום נזק לחקלאות ולסביבה.
פעולות המניעה נעשות בדרכים שונות ובאמצעים מגוונים, ביניהם פיקוח על סחורות מיובאות ועל כבודת נוסעים במעברי הגבול ובנמלי הכניסה לארץ. הפיקוח מבוצע באמצעות מנגנוני רישוי על יבוא תוצרת צמחית וכולל ביצוע הליך של הערכת סיכונים ביבוא (PRA) ובמידת הצורך גם ביצוא.
בנוסף, השרות להסגר צמחים עוסק בפיקוח על יצוא חומר ריבוי צמחי מישראל לכל רחבי העולם. מפקחי ההסגר מוסמכים להנפיק תעודות בריאות (תעודות פיטוסניטריות) המלוות את המשלוח ליעדו ומעידות על התאמתו לדרישות הבריאות של מדינות היעד.