המעבדה לפיטובקטריולוגיה פתחה את שעריה לפעילות שגרתית של זיהוי חיידקים לאחר מספר שנים בהן לא ניתן היה לקבל שרות אבחון זה במסגרת השירותים להגנת הצומח.

​​​​​​חידוש פעילות המעבדה לפיטובקטריולוגיה

מאת: דר' לודמילה גוזב - מנהלת תחום פיטובקטריולוגיה

​המעבדה לפיטובקטריולוגיה פתחה את שעריה לפעילות שגרתית של זיהוי חיידקים לאחר מספר שנים בהן לא ניתן היה לקבל שרות אבחון זה במסגרת השירותים להגנת הצומח (להגה"צ). המעבדה נותנת שרות ליחידות הפנימיות של השירותים להגה"צ כמו יחידות ההסגר, הביקורת, האקולוגיה, ויחידת שתלנות וזרעים. בנוסף, משרתת המעבדה  קהל רחב של חקלאים, מדריכים, יבואנים, יצואנים, חוקרים, חברות זרעים ומשתל​ות.

אפידמיות של התפשטות מחלות בקטריאליות הן קשות ביותר וקשות להדברה. התפשטות מחלת החירכון (Erwinia amylovora) בארץ לפני מספר שנים הביאה לעקירת חלק מהמטעים ונזק כלכלי רב בעבר (תמונה מס' 1).

נזק ניכר עד כדי איבוד היבול כולו ניתן לראות גם בגידולי ירקות הנפגעים ע"י חיידקים ביניהן מיני פסיאודומונס, ארווניות, אגרובקטריום, קלביבקטר וקסנתומונס. זיהוי גורם המחלה בשלביו הראשונים או טרם זריעתו/שתילתו (הזרעים) יכול למנוע נזק רב. 
 ריקבון רך חיידקי של כרוב סיני  נגרם ע"י החיידק Pectobacterium carotovorum subs.carotovorum . חיידק זה הוא רב פונדקאי המסוגל לגרום נזק לגידולים שונים.
 
 תמונה מס' 2: שדה כרוב נגוע בארווניה
שדה כרוב נגוע בארווניה

המעבדה מזהה חיידקים בשיטות קלאסיות ומודרניות.
בשיטות הקלאסיות נעשה בידוד החיידקים על מצעי מזון שונים. לאחר מכן המשך הזיהוי מבוצע בשיטות המבוססות  על תכונות ביוכימיות כמו מערכת ה- BIOLOG.

מערכת GENIII מסוגלת לזהות גם חיידקים גרם חיובים וגרם שליליים בתוך 24 שעות לאחר בידוד. מערכת זו מבוססת על יכולת החיידק לפרק מקור פחמן יחיד(71 ריאקציות) ועמידות החיידק לחומרים מעכבים ואנטיביוטיקות (23 ריאקציות). תמונה מס' 3.
תמונה מס' 3- פלטת ביולוג המכילה מקור פחמן יחיד בכול בארית וחומרים מעכבים ואנטיביוטיקות
​פלטת ביולוג המכילה מקור פחמן יחיד בכול בארית וחומרים מעכבים ואנטיביוטיקות

הבדיקה נעשית בו זמנית על 96 ריאקציות, ומתקבל צבע סגול (תמונה מס' 4) המעיד על יכולת החיידק לגדול במצעים השונים.

פלטה עם 96 ריאקציות
תוכנת מחשב משווה את פרופיל גידול החיידק הנבדק למסד נתונים המכיל אלפי חיידקים


שיטה נוספת המבוצעת במעבדה מבוססת על פרופיל חומצות שומן של חיידקים באמצעות גז כרומטוגרף. גם שיטה זו נתמכת ע"י מחשב לצורך השוואת פרופיל החיידק למסד נתונים המכיל אלפי חיידקים . ראה תמונה מס' 5.

 תמונה מס' 5: מהלך הגדרת חיידקים על פי חומצות שומן באמצעות גז כרומטוגרף
תמונה מס' 5: מהלך הגדרת חיידקים על פי חומצות שומן באמצעות גז כרומטוגרף

חשוב לציין שפרופיל חומצות שומן נדרש היום בהגדרת חיידק חדש למדע. 
בנוסף לשיטות אלה נבדקים החיידקים (לפי הצורך) גם בבדיקות מולקולריות לפי מעקובת (רצפים) של DNA באמצעות PCR, real-time-PCR, ושיטות סרולוגיות  כמו אלייזה.

בימים אלה שוקדת המעבדה להחזרת תקן ISO 17025 שהיה לה בעבר.

 

 

מעבדה לפיטובקטריולוגיה – אבחון חיידקיםhttps://www.moag.gov.il/ppis/Yechidot/Plants_Defect/Pitobacteriaמעבדה לפיטובקטריולוגיה – אבחון חיידקיםהמעבדה לפיטובקטריולוגיה פתחה את שעריה לפעילות שגרתית של זיהוי חיידקים לאחר מספר שנים בהן לא ניתן היה לקבל שרות אבחון זה במסגרת השירותים להגנת הצומח.
רשימת וירוסים צמחיים הנבדקים במעבדהhttps://www.moag.gov.il/ppis/Yechidot/Plants_Defect/publications/Pages/PlansVirusesList.aspxרשימת וירוסים צמחיים הנבדקים במעבדהרשימת וירוסים צמחיים הנבדקים במעבדה
הנחיות לאיסוף והבאת דוגמאות לבדיקת מחלות צמחיםhttps://www.moag.gov.il/ppis/Yechidot/Plants_Defect/publications/Pages/SamplingInstructions2.aspxהנחיות לאיסוף והבאת דוגמאות לבדיקת מחלות צמחיםהנחיות לאיסוף והבאת דוגמאות לבדיקת מחלות צמחים