​​​​תהליך הרישום כולל את השלבים הבאים:

א) עריכת​ ​ניסויים בתכשיר - לעריכת ניסויים בתכשיר חדש יש לקבל אישור מנהל השרותים להגנת הצומח ולביקורת. קבלת ההיתר מותנית בהגשת טופס בקשה לעריכת ניסויים, הגשת מסמכים כנדרש בטופס הבקשה ובתשלום אגרה. החומר יוגש למחלקה לתכשירי הדברה למרכז ניסויי השדה. (סעיף 2 לנוהל)
 ​
ב) דיון בוועדה ביולוגית (ועדת תכשירים) - ועדת מומחים המייעצת למנהל השרותים להגנת הצומח ולביקורת, דנה בראיות המבוססות על ניסויי שדה והמוכיחות את יעילות ההדברה ובטיחות התכשיר בכל צירוף של נגע גידול.
ראה קריטריונים להגשת תיק יעילות (סעיף 3 לנוהל).
המעוניין להרשם לדיון בועדה הביולוגית יגיש טופס בקשה בצרוף תשלום אגרת בקשה (עמוד 73 לנוהל).
ראה תעריפי אגרות

​ג) ועדה טוקסיקולוגית (בין משרדית) - ועדה הדנה בבטיחות התכשיר לאדם, לחי ולסביבה . דיון בועדה זו מותנה בהמלצת הועדה הביולוגית לשימוש בתכשיר. ​לדיון בועדה יש להגיש טופס בקשה.

 
ד) קביעת ימי המתנה (PHI - Pre​​ Harvest Interval) ושאריות מקסימליות מותרות MRL - Maximum Residue Limits בגידולים אכילים - מתבססים על נתונים מתוך עקומות הדעיכה של התכשירים, אשר ניתנות לביצוע במעבדות השרותים להגנת הצומח ולביקורת או במעבדה מוכרת אחרת.
ביצוע עקומות הדעיכה מותנה באישור ותאום מוקדם של תוכנית ניסויי השדה עם אגף א כימיה.
 

נוהל הגשת בקשה לקביעת ימי המתנה ושאריות מרביות מותרות של חומרי הדברה בתוצרת חקלאית ​(סעיף 5.1 לנוהל)

ה) אישור תוית התכשיר - תוכן ומבנה התוית מוגדרים על ידי תקנות הגנת הצומח (יבוא ומכירה של תכשירים כימיים) התשנ"ה- 1994. התוית משקפת את ההמלצות של הועדות המאשרות את התכשיר.
התוית מ​אושרת על ידי תחום תכשירי הדברה, תחום כימיה.

ו) רישום תכשיר והנפקת תעודת רישום - עבור תכשיר שאושר על ידי הועדות תונפק תעודת רישום וזאת אחרי תשלום אגרת רישום תכשיר. התכשיר יזוהה עם מס' הרישום של השרותים להגנת הצומח ולביקורת.
 
ז) הרחבת תוית של תכשיר רשום - על מנת להוסיף גידולים או נגעים חדשים לתוית של תכשיר רשום יש לבצע את המפורט בסעיפים ב, ג, ה.
 
ח) חידוש רישום תכשיר - מתבצע פעם בשש ​שנים, כפי שמוגדר בתקנות. יש להגיש טופס בקשה לחידוש רישום תכשיר (ראה טפסים) בצרוף תוית מעודכנת, דוגמאות תכשיר, חומר טכני וסטנדרט אנליטי מלווה במסמכים המתאימים, ולשלם אגרה
ט) ביטול תעודת רישום תכשיר - על מנת לבטל תעודת רישום של תכשיר הנמצא ברשימת התכשירים המאושרים, על החברה בעלת תעודת הרישום לפנות למחלקה לתכשירי הדברה לקבלת הנחיות.​