​המחלקה מנהלת ומבקרת את תקציב הארגון, מעניקה שירותי גבייה ללקוחות חוץ ופנים עבור שירותים הניתנים באמצעות היחידות השונות, כגון הפקת חשבוניות בגין בדיקות מעבדה, מתן רישיונות והיתרים, אגרות יצוא, תכשירים, טיפול בחשבונות ספקים, הנהלת חשבונות, התאמת בנקים ועוד. 

​ניתן לשלם חיובים קיימים לשרות​ים להגנת הצומח באופן מקוון. לקוח יכול לשלם חוב ספציפי או לחילופין, לצפות בכלל חובותיו הפתוחים ולבחור אלו מחובותיו לשלם. ​אמצעי התשלום הקיימים בחנות הינם בכרטיס אשראי או העברה בנקאית.


למידע נוסף בגין מחלקת כספים וחשבונות ניתן לפנות אל שרית קורן (מרכזת בכירה כספים וחשבונות)​