תחום שתלנות וחומר ריבוי כולל בתוכו שתי מחלקות:
א. המחלקה לביקורת זרעים ושתילים - עוסקת בכל הקשור בפיקוח על ייצור זרעים רגילים ומושבחים ואישורם לשיווק בארץ ובחו"ל ובמעקב אחר יבוא זנים לא רשומים לארץ, כמו גם פיקוח על משתלות עצי פרי כמתחייב על פי חוק הזרעים.
ב. המחלקה לאינטרודוקציה - מטפלת באיקלום זנים חדשים מיובאים בעלי פוטנציאל סיכון גבוה לחקלאות ולערכי טבע בישראל, כולל בדיקת ניקיונם ממחלות ומזיקים שונים. בנוסף, מטפלת המחלקה באישור וסימון של חומר ריבוי בגידולים שונים על פי דרישות החוק.