החקלאות, מעצם היותה מערכת ייצור ביולוגית ומבוססת על תשומות משאבי טבע וסביבה, מהווה רכיב חשוב ומובנה של הסביבה (אקולוגיה) בה אנו חיים ופועלים. יחסי הגומלין וההשלכות על ובין החקלאות לסביבה הינם רב-כיווניים.
המהפך הגדול של שנות ה-40-50 של המאה שעברה קידם חקלאות אינטנסיבית ומייצרת מזון וקיום כלכלי, עם כניסתם המסיבית של דשנים וחמרי הדברה חדשים לשימוש נרחב בחקלאות המודרנית. ברבות השנים השכיל הענף, כמו בכל העולם, להכיר גם בהשלכות הנלוות לממשקי חקלאות המלווים בשימוש אינטנסיבי בתשומות הייצור הנאמר לעיל כמו משאבי הטבע והסביבה (קרקע, מים, אויר, מגוון ביולוגי). במקביל, גדלה המודעות לתועלות החיצוניות ושירותי מערכת שמספקת החקלאות (ייצור מזון, שירותי האבקה, ערך נופי ועוד).
אחת המטרות המרכזיות של משרד החקלאות ופיתוח הכפר היא להוביל את חקלאי ישראל לפיתוח, קידום ויישום ממשקי חקלאות בת-קיימא אשר תשמר משאבי קרקע ומים לדורות הבאים ותגן על האדם, החי, הצומח, והשטחים הפתוחים תוך קידום התועלות הכלכליות הסביבתיות והחברתיות של החקלאות והמרחב הכפרי. מדובר בנושא רב-תחומי הכרוך בתהליכים ארוכי טווח.
באוקטובר 2012 הוקם תחום אגרואקולוגיה. יעדו העיקרי הוא ליווי, איפיון, פיתוח, קידום והערכת יחסי גומלין מיטביים וההשפעות ההדדיות שבין החקלאות לסביבה, במסגרת יעד-על אותו חרטה על דגלה הנהלת המשרד כתהליך אסטרטגי ארוך טווח. מעצם טיבו של הנושא, יישום היעד מתבסס על פעילות רב תחומית ורב יחידתית ועל שיתוף פעולה רוחבי עם יחידות המשרד השונות, משרדי ממשלה אחרים, יחידות וארגונים שונים, חקלאים ונציגיהם והציבור הרחב.
עבודת התחום מתמקדת בריכוז מקצועי-בינתחומי ועדכני של הנושא בשירות ההדרכה והמקצוע, כמו גם היותו כתובת מקצועית בנושא הנהלת המשרד ויחידותיו, הטמעת הנושא בקרב יחידות המשרד והחקלאים, מדידה ובקרת תהליכים בעזרת מדדים חקלאיים-סביבתיים ושותפות מקצועית בינלאומית.
