אלפיים שנה היינו בגלות והקשר עם טבע הארץ ועושר צמחיה ניתק ואבד. עם חידוש העלייה וישובה של ארץ ישראל , טען נגה הראובני מייסד נאות קדומים, יש להקדיש מקום חשוב גם להכרות מחודשת עם צמחיה: ".. לחשוף את אוצרות העבר ולקבל את הירושה הגדולה מאת אבותינו, אשר הורישו לנו על ידי צמחי ארץ, שרבים מהם נשארו כאן וציפו לבואנו. ובדרך זו נוכל להמשיך ולבנות את תרבות הצמחים שלנו"

יחודו של הגן הבוטני בפארק נאות קדומים הוא החיבור שבין המידע הבוטני הנרחב לבין זיהויים ואזכוריהם של הצמחים במקורות ארץ ישראל.  הגן משתרע על שטח של כ- 40 דונם ומכיל כ- 624 מינים, רובם צמחי בר. המבקרים בגן מוזמנים לצעוד במסלול מוסדר שלאורכו מגוון גינות נושאיות המציגות מיני צמחים הגדלים בכל רחבי הארץ. . 
לשירות המבקרים עומד שילוט מפורט הכולל  שלטי גינות ושלטי צמחים בהם ניתן למצוא שפע של מידע מתחומי  הבוטניקה ומקורות ישראל.

שלוש גינות לדוגמה במסלול הגן:
גינת "מעגל העתים" – "אֶת־הַכֹּ֥ל עָשָׂ֖ה יָפֶ֣ה בְעִתּ֑ו" קוהלת ג יא
גינה המציגה את מעגל הפריחה של פרחי הבר במהלך השנה. הגינה העשויה כמעגל, מחולקת ל-12 חלקים, כמספר חודשי השנה. בכל "פרוסה" אוסף של פרחי בר משולטים שפורחים באותו חודש. ניתן לראות בה את חילופי העונות וחילופי צבע הפרחים המשתנים מעונה לעונה, את המאביקים השונים האופייניים לכל עונה ועוד. הגינה "מתכתבת" עם מעגל פסיפס בהמשך המסלול, המראה את חודשי השנה לשם  הבנת הצורך בעיבור השנה.  לכל חודש במעגל יש פרח אופייני שמייצג אותו.

​פרדס חז"ל
"למה הדבר דומה? לאדם משמר פרדס...". בבלי יבמות כא ע"א
פרדס חז"ל הוא גן הצלה לעצי פרי המסורתיים של ארץ ישראל, שהולכים ונעלמים מן העולם. במשך אלפי שנות היסטוריה חקלאית התפתחו בארץ זנים וטיפוסים ייחודיים של עצי פרי המתאימים לאקלים ולקרקע הארץ ישראלית, חלקם אף היה מפורסם בטיבו בעולם העתיק. בעקבות המעבר לחקלאות מודרנית הולכים וננטשים הזנים המקומיים וכיום נותרו מהם רק שרידים בודדים. שימורם בפרדס חז"ל ובגני הצלה נוספים, יאפשר לקיים את המאגר הגנטי של הזנים המסורתיים ולטפח את זני העתיד של ארץ ישראל. 

גינת צמחי צבע
"..וממין הצובעים ומתקיים בארץ..." משנה שביעית ז ב 
גינה חדשה של צמחים שמחלקיהם  השונים הפיקו בעבר צבעים לצביעת בדים .  שילוב של בדיקות מעבדה לאריגים בני אלפי שנים עם שמות הצמחים הנזכרים במקורות חז"ל מגלים לנו את צמחי הצבע החשובים של ארץ ישראל ואת הגוונים בקשת הצבעים הקדומה.