המרכז לסחר ושיתוף פעולה בין-לאומי במשרד החקלאות פועל בשיתוף מנהל סחר חוץ ומשרד הכלכלה ועוסק בכל היבטי החקלאות בהסכמי הסחר הבין-לאומיים. הסכמי הסחר של ישראל מהווים תשתית ותמריץ להגברת היצוא, במסגרתם מתקיים דיאלוג בין ישראל לשותפות הסחר שלה לפישוט הסחר וסיוע ליצואנים הנתקלים בחסמי סחר, כחלק ממכלול פעולות שמטרתן הסדרת תנאי סחר מיטביים עם המדינות השונות.
מדינות וגושים עמם יש לישראל הסכמי סחר בילטרליים: ארה"ב, האיחוד האירופי, אפט"א (שוויץ, נורבגיה, איסלנד וליכטנשטיין), קנדה, מקסיקו, קבוצת מדינות מרק וסור (ארגנטינה, ברזיל, אורוגוואי ופרגוואי), טורקיה, קולומביה, פנמה, אוקראינה, קוריאה הדרומית ובריטניה. משאים ומתנים על הסכמי סחר נוספים מתקיימים עם סין, וייטנאם ואיחוד המכסים האירו-אסייתי (רוסיה, בלרוס, קזחסטן, קירגיזסטן וארמניה).
